El 14/2/1941, se produce el gran incendio que afecta a gran parte del centro de Santander. Por lo que respecta al patrimonio religioso tenemos que los edificios afectados son: La Iglesia Catedral, el palacio episcopal, La Anunciación y San Roque, la residencia e iglesia de los Jesuitas, Colegio de la Inmaculada de Rúa Menor, casa de la religiosas Angélicas, casa de Acción Católica, Convento de las Clarisas de Escalante y varias ermitas de la provincia. "Todo ha sucedido a causa de las ideas materialistas, de la sucia sensualidad, de la tacaña avaricia, de la profanación de las fiestas, de la falta de Caridad y de la falta de honestidad en los bailes y playas... Los pueblos pecadores no pueden recibir la vindicta en el infierno. Tienen que recibirla aquí con estos desastres".
La Catedral restaurada no finaliza hasta el año 1953, la inauguración de la misma tiene lugar el 23 de agosto, con la ayuda económica del Gobierno.
CONTINUIDAD DE LA SITUACIÓN RELIGIOSA: Tras el incendio de Santander la tónica del catolicismo en España y Cantabria apenas varía:
- La Iglesia sigue prestando su apoyo al Régimen de Franco
- La moral de costumbres muy rigorista, tradicional e individualista. La moralidad externa, sobre todo en el vestir, es apoyada a menudo por medidas gubernativas
- Aún siendo minoritario comienza un despertar de la conciencia social en la iglesia cántabra
- Gran realce de las manifestaciones religiosas populares sobre todo de inspiración mariana