La presencia de los jesuitas en Cantabria data de fines del siglo XVI. Luis de Quijada mayordomo que fuera del rey Carlos I de España, dispuso en su testamento que su viuda Doña Magdalena de Ulloa hiciera dentro de sus tierras en Villagarcía de Campos fundación del lugar en el que sería enterrado. Producido el óbito, la viuda no sólo ejecutó la fundación pedida por su difunto marido sino que dedicó la gran fortuna que le heredó, para beneficiar la fundación de Colegios de la Compañía de Jesús. De este modo fundó uno en Villagarcía de Campos, y más tarde otros dos en el norte de España, uno en Oviedo y otro en Santander. La fundación de este último es de fecha de septiembre de 1594.
El colegio de la Compañía de Jesús de Santander fue construido a lo largo del siglo XVII, extendiéndose las obras hasta principios del XVIII. Durante casi cuatrocientos años este complejo, el palacio de Riva Herrera y la Casa Consistorial conformaron la Plaza de la Llana: el viejo corazón de Santander. La agitada historia de la fundación corre paralela a la de la propia orden y a los avatares de la villa. Así, cuando el rey Carlos III procedió a «expulsar de todos mis dominios de España e Islas Filipinas y demás adyacentes a los Regulares de la Compañía», en las jornadas del 1 y el 2 de abril de 1767, la iglesia se transformó en parroquia (en el diccionario de Madoz de principios del XIX, las dependencias colegiales constan como ‘palacio episcopal’).
Actualmente, solo se conserva de su antigua Iglesia, la hoy parroquia diocesana de la Anunciación, que sigue conociéndose todavía popularmente, como de la “Compañía”, a pesar de no tener ya relación actual alguna con la orden jesuítica.
También a un jesuita, el padre Rábago, debe Santander, la erección de su Diócesis.
Entre otras cosas más que debe Cantabria a los jesuitas, ya desde su establecimiento en Santander, en 1594, fue la evangelización de los Valle Pasiegos con objeto de iluminar a aquellos montañeses de pobre cristianización que los padres jesuitas comprobaron que estaban, realmente, “en suma ignorancia de las más importantes y necesarias verdades del Cristianismo”, viviendo en “errores, que daban entrada á diversas supersticiones con que el demonio los engañaba”.
Más modernamente, en 1881, se acrecentó la influencia de los jesuitas en Cantabria, con la construcción del inicial Seminario de Comillas por la influencia del padre jesuita Gómez Carral sobre el indiano adinerado don Antonio López del Piélago y López de la Madrid (1817-1883), I Marqués de Comillas que proveyó la financiación de su obra. A su muerte, en 1883, fue su hijo Claudio López Bru quien continuó financiando la obra hasta conseguir que el edificio fuera una realidad en 1890. El 19 de marzo de 1904, el Papa San Pio X concede al Seminario Pontificio de Comillas, por medio del Decreto "Praeclaris honoris argumentas", la facultad de conferir grados académicos en Filosofía, Teología y Derecho Canónico, convirtiéndolo en Universidad Pontificia. Sin embargo, desde 1964, el edificio quedó sin uso, al autorizar y refrendar el Papa Pablo VI el traslado a Madrid de la universidad y su apertura a la enseñanza de seglares. Hoy las actividades que los jesuitas mantienen en Cantabria son las siguientes:
| Actividad | Centro | Dirección |
| Pastoral y cultual | Iglesia Sagrado Corazón | San José, 15 - 39003 - Santander |
| Pastoral | Centro Loyola | id. |
| Pastoral-Espiritualidad | Casa de Ejercicios San Ignacio | La Portilla nº 7 - C.A. 141, Km.8 - 39130 – Pedreña; Teléfono: 942500014;  |
| Educativa | CESTE-Escuela univeritaria.- Escuela Univ. de Turismo Altamira | Los Molinucos. Avda. Faro, 20. - 39012 - Santander; Teléfono: 942398144  |
| Educativa | EDUCSI- Colegio Kostka | Dirección: Guevara 26 - 39001 - Santander; Teléfono: 942312569;  |
| Editorial | Salterrae | Polígono de Raos, parcela 14-I - 39600 - Maliaño (Santander) Teléfono: 942369198  |
Abajo, dos imágenes de la iglesia del Sagrado Corazón de Jesús, de los Jesuitas de Santander:
