El contenido de su Comentario al Apocalipsis de San Juan Como el Apocalipsis subraya el aspecto divino de Cristo de modo más destacado que los evangelios, que se focalizan más en su humanidad, el IV Concilio de Toledo lo consideró el instrumento ideal para luchar contra el anterior arrianismo.
En dicha tradición Beato elige este libro neotestamentario por la necesidad de alentar la esperanza de los cristianos ante la precaria situación en que vivían ante el peligro musulmán en el incipiente reino astur-cántabro. El contenido del Apocalipsis es un grito de esperanza, que invita a las Iglesias a buscar la esperanza en Cristo que reinará definitivamente. En su tiempo había alentado la esperanza de los cristianos frente a las persecuciones de los emperadores romanos. En tiempos de Beato el peligro era otro, pero la necesidad de aliento era la misma.
La calidad de la exégesis de Beato hizo que su obra traspasará los límites del espacio y del tiempo: heredero de los primeros comentarios apocalípticos del siglo IV, el Beato de Liébana fue copiado en muchas ocasiones. Se trata de una obra en la que los desvelos de Beato fueron muy constantes. No se conformó con la versión inicial finalizada en el año 776 sino que a lo largo de toda la posterior década hizo dos versiones más: la de 784 y la definitiva de 786.
El libro cobró rápida fama y empezó a copiarse en todos los scriptoria de León y Castilla. La asimilación de los invasores árabes a las potencias del Mal y al Anticristo, de la Bestia al Califato y de Babilonia a Córdoba explica que el Comentario se haya convertido rápidamente en "el libro de la Reconquista". Este Comentario no faltaba en casi ningún convento y contribuyó no poco a forjar las formas de devoción propias de la España cristiana de la alta Edad Media. Beato es, como nuestro Berceo, un monje que escribe para otros monjes. Su libro quiere ser una explicación de toda la Revelación, se inspira de la doble preocupación espiritual y pastoral que había sido ya la de la cultura de San Isidoro de Sevilla. el Comentario de Beato, que no es estrictamente original, El autor, que copió literalmente versículos del Apocalipsis [Historia] y a continuación añadió un comentario [Explanatio], conformado por frases y párrafos tomados de varios santos padres, que enlazó de manera más o menos coherente y amplió con sus propias ideas, a modo de catenae.